Prof. Janusz Nowotny urodził się w 1940 r. we Lwowie. W 1963 r. ukończył Wyższą Szkołę Wychowania Fiyzcynego w Krakowie oraz Śląską Akademię Medyczną w Katowicach. Był lekarzem specjalistą drugiego stopnia rehabilitacji medycznej oraz magistrem wychowania fizycznego, specjalistą drugiego stopnia rehabilitacji ruchowej. W 1974 r. otrzymał tytuł doktora nauk medycznych. W 1989 r. został doktorem habilitowanym nauk o kulturze fizycznej w zakresie rehabilitacji, a w 1995 r. otrzymał tytuł profesorski.
W latach 60. pracował w Klinice Chorób Dzieci ŚlAM w Zabrzu, następnie w II Klinice Chorób Dzieci ŚlAM w Katowicach. Od 1983 do 1996 r. był kierownikiem Poradni Rehabilitacyjnej dla Dzieci i Młodzieży w Zespole Wojewódzkich Przychodni Specjalistycznych w Katowicach a następnie kierownikiem przychodni rehabilitacyjnej NZOZ REHMEDAN w Katowicach. Uczył i prowadził wykłady dla studentów w Medycznym Studium Zawodowym nr 1 w Zabrzu, w Wyższej Szkole Wychowania Fizycznego w Katowicach, Akademii Wychowania Fizycznego czy Śląskiej Akademii Medycznej. Był kierownikiem Katedry i Zakładu Fizjoterapii Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach.
Prof. Janusz Nowotny był autorem bądź współautorem ponad 200 prac naukowych, kilkudziesięciu publikacji na rzecz dydaktyki informujących o postępach w zakresie rehabilitacji i nowych metodach badawczych oraz kilkunastu podręczników akademickich dla studentów kierunku fizjoterapia. Był promotorem ponad 200 prac magisterskich i licencjackich prac dyplomowych, członkiem wielu towarzystw naukowych, konsultantem wojewódzkim w dziedzinie fizjoterapii dla województwa śląskiego.